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research:bioinformatics:chronological

Chronological list of achievements

Date installed/modified Code Version
Jul-31-2012 beast beast-1.7.2
Apr-10-2013 clustal clustalw-2.1
Apr-10-2013 clustal clustal-omega-1.1.0
Apr-10-2013 clustal clustalw-MPI-1.82
Apr-10-2013 emboss 6.5.7
Apr-10-2013 velvet 1.2.08
Apr-10-2013 bowtie 0.12.9
Apr-11-2013 lam 7.1.4
Apr-11-2013 latex texlive_2012
Apr-16-2013 perl 5.16.3
Apr-16-2013 bowtie 1.0.0
Apr-16-2013 cufflinks 2.0.2
Apr-16-2013 cufflinks 2.1.1
Apr-16-2013 bioperl 1.6.1
Apr-16-2013 samtools 0.1.18
Apr-17-2013 bwa 0.5.9
Apr-17-2013 bwa 0.7.3a
Apr-22-2013 GATK 2.4-9
Apr-22-2013 IGV Tools-2.2.2
Apr-22-2013 IGV 2.3.1
Apr-22-2013 blast 2.2.28+
Apr-23-2013 fastqc 0.10.1
Apr-23-2013 hmmer 3.0
Apr-23-2013 mira 3.4.1.1
Apr-23-2013 paml 4.7
Apr-23-2013 SOAP denovo-2.04r223
Apr-24-2013 hyphy 2.1.2
Apr-30-2013 python 2.7.3
May-10-2013 emacs 24.3
May-23-2013 whamm 0.14a
May-23-2013 iHS_calc 1.0.1
May-29-2013 denovo-qassembler 1.0.3
Jun-21-2013 bwa 0.7.5a
Jul-4-2013 cgal 0.9.6-beta
Jul-23-2013 libtool 2.4.2
Jul-23-2013 clustal clustal-omega-1.2.0
Jul-24-2013 mercurial 2.6.3
Jul-25-2013 m4 1.4.16
Jul-25-2013 beagle beagle_lib-r1090
Jul-31-2013 galaxy 0.1.0
Aug-8-2013 java jdk1.6.0
Aug-13-2013 rsync 3.0.9
Aug-23-2013 boost 1_53_0
Aug-23-2013 boost 1_54_0
Aug-29-2013 prinseq lite-0.20.3
Aug-30-2013 tophat 2.0.9
Sep-3-2013 sratoolkit 2.3.3
Sep-5-2013 picard 1.97
Sep-9-2013 boost 1_50_0
Oct-7-2013 admixture 1.23
Oct-14-2013 FastME 2.07
Oct-14-2013 FastME ncbi-2002
Oct-14-2013 beagle r1115
Oct-14-2013 beagle default
Oct-14-2013 phyml 20120412
Oct-14-2013 mrbayes 3.2.2
Oct-15-2013 velvet 1.2.09
Oct-21-2013 beagle 2.0.0
Oct-25-2013 expat 2.0.1
Oct-25-2013 velvet metavelvet_1.2.01
Oct-25-2013 swig 2.0.11
Oct-25-2013 graphviz 2.34.0
Oct-25-2013 ant 1.9.2
Oct-28-2013 abyss 1.3.6
Nov-1-2013 ghostscript 9.10
Nov-1-2013 weblogo 2.8
Nov-1-2013 autoconf 2.69
Nov-4-2013 mpi mpich2-1.5
Nov-4-2013 mira 4.0rc4
Nov-8-2013 amos 3.1.0
Nov-8-2013 mummer 3.23
Nov-8-2013 trimmomatic 0.30
Nov-8-2013 velvet oases_0.2.8
Nov-11-2013 gromacs 4.6.1
Nov-11-2013 gromacs 4.6.3
Nov-13-2013 bioperl 1.6.9
Nov-13-2013 java jdk1.7.0
Nov-13-2013 GATK 2.7-4
Nov-13-2013 IGV 2.3.20
Nov-13-2013 IGV Tools-2.2.23
Nov-13-2013 IGV igv.log
Nov-13-2013 biopython 1.62
Nov-13-2013 staden 2.0.0b9
Nov-15-2013 tophat 2.0.8b
Nov-15-2013 bowtie2 2.1.0
Jan-23-2014 beagle 2.1.0
Jan-30-2014 samtools 0.1.19
Feb-4-2014 nasp 1.5
Feb-7-2014 python 2.7.5
Feb-7-2014 perl 5.18.1
Feb-10-2014 openbabel 2.3.0
Feb-10-2014 openbabel 2.3.2
Feb-10-2014 ambertools 13
Feb-11-2014 gromacs 4.5.7
Feb-11-2014 beast 1.8.0
Feb-11-2014 velvet 1.2.10
Feb-12-2014 bowtie2 2.2.0
Feb-12-2014 acpype rev_7503
Feb-24-2014 tophat 2.0.10
Feb-26-2014 beast 2.1.0
Feb-26-2014 beast 1.8.0_test
Feb-26-2014 beagle 2.1.0_test
Mar-25-2014 bowtie 1.0.1
Mar-26-2014 R 3.0.3
Mar-26-2014 R 2.15.2
Mar-26-2014 R 2.15.3
Mar-26-2014 R 3.0.0
Mar-26-2014 R 3.0.2
Mar-27-2014 cufflinks 2.2.0
Apr-3-2014 clustal clustal-omega-1.2.1
Apr-4-2014 python 2.7.4
Apr-4-2014 weblogo 3.3
Apr-7-2014 gromacs 4.6.5
Apr-10-2014 gromacs 4.6.5_nehalem
Apr-11-2014 bowtie2 2.2.2
Apr-11-2014 R 3.0.1
Apr-14-2014 beast default
Apr-14-2014 beast 1.7.5
Apr-15-2014 beast 2.1.2
Jun-12-2014 blast 2.2.29+
Jun-12-2014 blast mpiblast
Jul-2-2014 gromacs 4.6.1_nehalem
Jul-21-2014 beast 2.1.3
Jul-22-2014 bowtie 1.1.0
Jul-22-2014 bowtie2 2.2.3
Jul-22-2014 trf 4.07b
Jul-22-2014 trf 4.04
Jul-22-2014 exonerate 2.2.0
Jul-22-2014 RepeatMasker 4.0.5
Jul-22-2014 augustus 2.5.5
Jul-22-2014 orthoMCL 2.0.9
Jul-22-2014 ViennaRNA 2.1.7
Jul-22-2014 squid 1.4.2
Jul-22-2014 squid 1.9g
Jul-22-2014 randfold 2.0
Jul-22-2014 mirdeep2 2.0.0.5
Jul-22-2014 trinity r2013-02-25
Jul-22-2014 trinity r20140717
Aug-5-2014 bpipe bpipe-0.9.8.6_rc
Aug-19-2014 Markov Cluster algorithm on M9000 mcl 14-137
Aug-21-2014 gromacs g_mmpbsa.4.5.7
Aug-29-2014 samtools 1.0
Sep-3-2014 hmmer 3.1b1
Oct-1-2014 sratoolkit 2.4.1
Oct-1-2014 beast 1.8.1
Oct-13-2014 Anaconda 2.1.0
Oct-13-2014 bowtie 1.1.1
Oct-13-2014 tophat 2.0.13
Oct-13-2014 cufflinks 2.2.1
Oct-15-2014 snap 1.0b12
Oct-15-2014 snap 1.0dev51
Oct-15-2014 snapr 1.0dev26
Oct-15-2014 samtools 1.1
Oct-17-2014 newbler 2.9
Oct-29-2014 bison 3.0
Oct-29-2014 flex 2.5.39
Oct-29-2014 bison 2.7
Oct-30-2014 binutils 2.20.1
Oct-30-2014 binutils 2.24.90
Nov-3-2014 R 3.1.2
Nov-3-2014 R 3.1.1
Nov-5-2014 autodock 4.2.6
Nov-5-2014 mgltools 1.5.6
Nov-6-2014 gromacs 5.0.2_nehalem
Nov-6-2014 gromacs 5.0.2_dell
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